يمثل مركز ابن خلدون تجربة رائدة في مجال المراكز البحثية غير الحكومية ، الهادفة الي ربط البحوث والدراسات في العلوم الاجتماعية من خلال الجماعات ذات التأثير الاستراتيجي في صناعة القرار . ويحرص المركز علي أن يكون نموذجا للمنظمات الحية للمجتمع المدني ، فهو يؤمن بالشفافية في كل ما يتعلق بأنشطته وموارده وهو يدار ادارة ديمقراطية كاملة بواسطة العاملين فيه
كما يحرص المركز علي أن يكون مؤسسة تدريبية للعاملين فيه ، خاصة من شباب الباحثين، وان يجسم عملهم ونشاطهم اليومي كل ما تنطوي عليه فلسفة وأهداف المركز ، من ذلك الاقتصاد في عدد العاملين وتعظيم قدراتهم وانضباطهم وتفانيهم في العمل ، وغرس النظرة التكاملية في اقترابهم من موضوعات دراسات المركز ، بصرف النظر عن تخصصاتهم الاكاديمية وممارساتهم العملية السابقة . وضمن ذلك نجح المركز في توفير بعثة دراسية واحدة علي الأقل سنويا للعاملين فيه . وقد حصل أكثر من خمسة عشر من الباحثين علي منح دراسية للحصول علي الماجستير والدكتوراه خلال السنوات العشر الماضية . فهو تجربة رائدة في مفهومه وممارساته وادارته، والعاملون فيه يعتزون بهذه التجربة كتجسيم حي لقيم ومبادئ المجتمع المدني والتحول الديمقراطي في مصر والوطن العربي
